Наибольшее количество конфликтов между налогоплательщиками и налоговыми органами возникает при проведении налоговых проверок. Выездная налоговая проверка наиболее "тяжело переносится" налогоплательщиком, т.к. связана с необходимостью присутствия сотрудников налоговых органов на проверяемом предприятии и истребованием первичной документации налогоплательщика, что, в свою очередь, может серьезно повлиять на текущую работу предприятия.
Налогоплательщики обязаны вести в установленном согласно законодательству и инструкциям порядке учет данных, поэтому при использовании компьютерной техники они должны организовать действие систем документооборота и бухучета таким образом, чтобы они соответствовали требованиям закона. Ведь именно соответствия предписанным нормам добиваются от налогоплательщиков налоговые органы.
Зачастую причиной возникновения конфликтов является плохая информированность налогоплательщиков о содержании и процедуре налоговых проверок. Поэтому налогоплательщикам так необходимо быть осведомленными и компетентными в этой области.